Вполне прилично - вот вывод. Для того, что бы избежать удаления наших данных нужно пользоваться объединением конфигураций, подробнее - Шаг 369 - А что если в новой конфигурации этого элемента нет . Изменения кода документируются, подробнее - Шаг 371 - Объединение конфигураций – код. Изменения на формах то же фиксируются, подробнее - Шаг 372 - Объединение конфигураций как поведут себя элементы на форме. Все нормально и вполне прилично. Данным способ легко проводить обновления типовой конфигурации, эти обновления периодически появляются на диске сопровождения. Делать практически нечего не нужно. Просто объединяете и все. Если же вы делали свою конфигурацию и использовали элементы типовой, подробнее - Шаг 285 - Изучаем справочник основные средства. то тут сложнее. Ваши документы могут называть точно так же как и стандартные. А обновить нужно только те которые переносили. Но выход есть, просто при объединении конфигураций нужно указать те элементы которые вы внедрили в свою конфигурацию.
А все остальное просто не изменять.